В .htaccess или virtualhost конфигурационния файл на всеки сайт се добавя или като глобална конфигурация на Apache се добавя:((Добрата практика препоръчва добавянето във virtualhost))

<Code linenums:1 >
<IfModule mod_rewrite.c>    
  RewriteEngine on
  RewriteRule ^.well-known/ - [L,NC]
</IfModule>
</Code>

За всеки сайт поотделно във виртуалния хост (ако Rewrite правилата са описани там) или в .htaccess се добавя:
<Code linenums:1 >
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/\.well-known/acme-challenge/[0-9a-zA-Z_-]+$
</Code>
точно преди RewriteRule, насочващ всичко към index.php