В .htaccess или virtualhost конфигурационния файл на всеки сайт се добавя или като глобална конфигурация на Apache се добавя:1)
<IfModule mod_rewrite.c> RewriteEngine on RewriteRule ^.well-known/ - [L,NC] </IfModule>
За всеки сайт поотделно във виртуалния хост (ако Rewrite правилата са описани там) или в .htaccess се добавя:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/\.well-known/acme-challenge/[0-9a-zA-Z_-]+$
точно преди RewriteRule, насочващ всичко към index.php